发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查；申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。国务院专利行政部门认为必要的时候，可以自行对发明专利申请进行实质审查。
对于接收的发明专利申请，除特殊情况外，都应当按照接收的先后顺序进行审查，不要先易后难，更不能将难审的申请一直压着不进行审查。但可以将先后接收的同类的专利申请放在一起同时审查。在申请人对第一次审查意见通知书作出答复之后，审查员对申请继续审查时，一般应按答复的先后顺序进行。
对下列几种情况可作特殊处理： （１）对国家利益或者公共利益具有重大意义的申请，由申请人或者其主管部门提出请求，经专利局局长批准后，可以优先审查，并在随后的审查过程中予以优先处理。 （２）对于专利局自行启动实质审查的专利申请，可以优先处理。（３）保留原申请日的分案申请，可以与原申请一起审查。