签订保密合同是企业商业秘密保护管理中很重要的一部分工作，签订保密合同时应注意合同的完整性和有效性。签订保密合同应坚持下述原则：一是合法合理原则;二是权利义务对等原则;三是平等自愿原则;四是合理约定原则。在上述原则基础上，企业应当充分运用合理约定内容具有法律效力的特点，提高合同功效。
根据商业秘密运行轨迹，商业秘密保护合同主要有：商业秘密所有权转让合同;商业秘密使用权转让合同;商业秘密技术合作合同;商业秘密合作研究开发合同;涉及商业秘密的委托加工合同;涉及商业秘密的营销合作合同;涉及商业秘密设备的使用合同;涉及商业秘密的技术服务合同;员工保密合同;商业秘密开发研究合同;专项商业秘密信息保密合同;涉密人员竞业禁止合同。
与合作方签订的保密合同的主要内容包括：
(1)明确规定所涉及的需要保密的商业秘密范围;
(2)合同对方以及合同对方的任何员工、代理人均受保密条款的约束;
(3)受约束的保密义务人在未经许可的情况下，不可将商业秘密透露给任何第三方或用于合同目的以外的用途;
(4)合同对方在接受、传递、运输、存储、使用商业秘密应该采取的保密措施;
(5)合同对方必须与接触商业秘密的人员签订与本合同要求相适应的保密协议;
(6)合同对方人员进入己方安全区域时所携带物品的限制要求、工作要求或遵守己方管理制度的要求以及离开安全区域的要求;
(7)明确违约责任、赔偿金等。
与员工签订的保密合同的主要内容包括：
(1)保密的内容和范围;
(2)保密协议双方的权利和义务;
(3)保密协议的期限;
(4)员工职务成果与非职务成果的确认;
(5)员工在竞争企业任职、兼职活动的限制;
(6)未经许可的情况下，不可将商业秘密透露给任何第三方或用于合同目的以外的用途;
(7)未经许可不可将含有保密信息的资料、文件、实物等携带出保密区域;
(8)不接触、不打听、不获取自己无权知晓的商业秘密;
(9)违反保密义务的，应当承担明确的违约责任。